Ähnlich der Borreliose gibt es auch einen Elisa-Test für den Nachweis einer akuten oder chronischen FSME. Zusätzlich stehen heute auch ein indirekter Immunfluoreszenztest [iIFT] sowie ein direkter Virus-Nachweis durch Polymerase-chain-reaction [PCR] aus Serum (frühes Stadium) und Liquor (spätes Stadium) zur Verfügunge. Die Komplementbindungsreaktion [KBR] hat inzwischen an Bedeutung verloren.

Beim indirekten Immunfluoreszenz-Test [iIFT] wird Virusmaterial auf einen Träger aufgetragen, auf den das zu untersuchende Serum aufgebracht wird.

Die Reaktion läuft wie folgt ab:

 

Die Komplementbindungsreaktion [KBR] zeigt den durch die Infektion und die nach Antigen [FSME-Virus]-Antikörper [AK gegen das Virus]-Komplexbildung stattfindenden Verbrauch an Komplement an.

1.	Das FSME-Virus erzeugt als Antigen eine immunologisch vermittelte Antikörperproduktion.
2.	Virus und AK bilden einen AG-AK-Komplex.
3.	Um sicherzustellen, daß dieser AG-AK-Komplex auch von Freßzellen aufgenommen werden kann, wird der Antigenanteil mit Komplement („ergänzende Eiweißkörper“] bedeckt [Der Vorgang heißt Opsonierung].
4.	Die Opsonierung verbraucht Komplement.
5.	Dieser Verbrauch muß nun nachgewiesen werden.
6.	Zu diesem Zweck schafft man ein um das Komplent konkurrierendes AG-AK-System.
7.	Man injiziert z. B. einem Kaninchen Schafserythrozyten, wodurch das Kaninachen AK gegen Schafserythrozyten bildet. Diese Anti-Schaf-AK sowie zusätzlich freie Schafserythrozyten gibt man zum Nachweis des Komplementverbrauchs dem System hinzu.
8.	Auswertung